二次離子質(zhì)譜儀的操作模式能夠分成質(zhì)譜表面譜、成像模式、深度剖析等。其中質(zhì)譜模式有著高分辨率。對于各種材料中所含有的元素、材料中的摻雜、污染物中的成分等的鑒別較為常用。二次離子在二維平面上的強度分布，即是二次離子質(zhì)譜成像，能夠?qū)⒊煞值姆植急容^直觀的顯示出來。使得元素離子、分子碎片或分子離子的形貌獲得。交替式地對分析樣品表面濺射剝離和對濺射區(qū)域采集圖譜，即是深度剖析，由深度剖析結(jié)果中能夠使得不同成分沿深度方向的分布得到。能夠使樣品深層或內(nèi)部化學(xué)成分的三維圖像獲得。能夠分析材料或者生物組織微區(qū)成分。

 

　　這些年以來，伴隨著儀器的發(fā)展，二次離子質(zhì)譜儀也在生命科學(xué)領(lǐng)域得到了非常廣泛地應(yīng)用。比如在生命科學(xué)領(lǐng)域可視化分析單細(xì)胞，能夠使得藥物在細(xì)胞內(nèi)的吸收，分布，代謝等信息獲得，還能夠?qū)⑺幬镌诮M織或者細(xì)胞中的定位研究出來，對于藥物的靶向性的提高和藥物的合理設(shè)計的意義非常重要。